Al llarg de l’Educació Secundària, els alumnes d’Agora Sant Cugat International School perfeccionen les seves habilitats com a pensadors creatius, crítics i reflexius. L’ensenyament s’especialitza en assignatures separades i paral·lelament es fomenta la connexió entre diferents àrees curriculars. Les classes se centren en temes i preocupacions globals, de la vida real i fomenten el desenvolupament d’habilitats per a la comunicació, la comprensió i el sentit de responsabilitat social. Agora Sant Cugat International School és un col·legi que imparteix el Programa dels Anys Intermedis (PAI) del Batxillerat Internacional (BI)que desitja obtenir l’autorització com a Col·legi del Món BI i impartir els seus programes en totes les etapes formatives.
El currículum a la etapa de secundària pretén formar persones competents amb les eines necessàries per entendre el món i ser capaces d’intervenir de forma activa i crítica a la nostra societat. Per aconseguir-ho, es fomenta el diàleg i la comunicació a través d’una metodologia que treballa els hàbits i les tècniques d’estudi per afavorir la constància, la tenacitat i la disciplina. Aquesta metodologia participativa permet l’alumne desenvolupar un pensament crític i constructiu, ajudar-lo a tenir autocontrol i autodisciplina i aconseguir una vivència d’èxit per la seva feina.
El trilingüisme és un dels aspectes bàsics del projecte d’aquesta etapa. Cada matèria té assignada una llengua vehicular (anglès, castellà o català) i els alumnes estudien una segona llengua estrangera (alemany o francès). A més dels idiomes, la preparació global dels alumnes d’Agora Sant Cugat International School implica la participació en programes i experiències que potencien l’intercanvi cultural i a les assignatures es treballa de forma transversal i es posa en pràctica les llengües anglesa, francesa i alemanya.
L’acció tutorial continua e individualitzada forma part del dia a dia dels alumnes d’Educació Secundària. Abans d’acabar 3r d’ESO, els tutors orienten els alumnes i les seves famílies per escollir l’itinerari que, al següent curs, l’obrirà les portes a las diferents modalitats de Batxillerat: un itinerari està dirigit cap als Batxillerats de Ciències i Ciències de la Salut o el Batxillerat d’Enginyeria i Arquitectura; un segon itinerari els prepara per als Batxillerats d’Arts i Humanitats o Ciències Socials; finalment, els dos últims itineraris permeten un primer contacte amb la metodologia i els continguts del Batxillerat Internacional Científic o Social que ofereix el col·legi internacional. Aquesta orientació és personalitzada, basada en les aptituds i els interessos de cada alumne.